Het bestuur bestaat uit twaalf leden, één gedeputeerde per provincie en een onafhankelijke voorzitter. Ieder bestuurslid heeft een eigen inhoudelijke portefeuille, zoals financiën of ruimtelijke ontwikkeling.
De termijn van het bestuur is gelijk aan de termijn van Provinciale Staten: vier jaar. Na iedere Provinciale Statenverkiezingen en nieuwe colleges van gedeputeerden wordt een nieuw bestuur samengesteld. Het bestuur kent ook een viertal adviseurs: drie Commissarissen van de Koning en een Provinciesecretaris.
Algemene Vergadering bestaat uit 24 leden die zijn voorgedragen door Provinciale Staten: twee Statenleden per provincie. De Algemene Vergadering voert de ‘governance’-rol binnen de vereniging uit. De Algemene Vergadering benoemt het bestuur en verleent goedkeuring aan de Meerjarenagenda, de Jaarplannen, het Jaarverslag, de Jaarrekening en de begroting van het IPO.
De Kring van Provinciesecretarissen is het overlegorgaan van de provinciesecretarissen en de algemeen directeur van het IPO.
De provinciesecretaris is in de eigen provincie de secretaris van het college van Gedeputeerde Staten en daarnaast algemeen directeur van de provinciale organisatie. De Kring fungeert als forum waar ervaringen en ‘best practices’ op het vlak van het provinciale bestuur en organisatie uitgewisseld worden. De Kring heeft ook een belangrijke rol binnen het IPO. De leden van de Kring zijn voorzitter van de ambtelijke adviescommissies en secretaris van de bestuurlijke adviescommissies. De Kring als geheel is het integrerend ambtelijk voorportaal van de bestuurlijke besluitvorming van het IPO.
De bestuurlijke adviescommissies, met vakgedeputeerden onder voorzitterschap van een lid van het IPO-bestuur, behartigen de taken van het IPO. Ondersteuning van de bestuurlijke adviescommissies vindt plaats door de (gelijknamige) ambtelijke adviescommissies die bestaan uit provinciale medewerkers en medewerkers van het IPO-bureau.
De kerndelegaties bestaan uit de provinciale bestuurders die op de IPO-dossiers het bestuurlijk overleg voeren met ministers, Kamerleden, bestuurders van andere koepels van decentrale overheden en maatschappelijke organisaties. De voorzitter van de kerndelegatie is tevens voorzitter van de bestuurlijke adviescommissie binnen het IPO en behartigt die portefeuille in het IPO-bestuur.
Het IPO is gevestigd aan de Herengracht 23 in Den Haag en telt circa 50 medewerkers. Het IPO-bureau ondersteunt de bestuurlijke en ambtelijke adviesstructuur van het IPO waaronder het Bestuur, de Algemene Vergadering en de bestuurlijke en ambtelijke adviescommissies. Van hieruit vindt de ondersteuning van het bestuur plaats.
In 2000 heeft het IPO samen met de Nederlandse provincies in Brussel het Huis van Nederlandse Provincies (HNP) opgericht. Het HNP voert de belangenbehartiging voor provincies bij de Europese instellingen.
Voor ondersteuning op het gebied van vitaal platteland en de fysieke leefomgeving is door het IPO in 2014 BIJ12 opgericht. BIJ12 bestaat nu ruim 6 jaar en doet het werk voor de provincies vanuit de volgende units:
- Natuurinformatie en Natuurbeheer
- Faunazaken
- AdviesCommissie Schade Grondwater
- Subsidieregeling opruiming drugsafval
- Gemeenschappelijke Beheerorganisatie Provincies
- Stikstof en Natura 2000
De units worden ondersteund door bedrijfsvoering.